У вас в браузере отключен JavaScript. Некоторые элементы на этой странице могут работать не так, как задумано.

Эмиль Валеева (Весна)

Биоинформатик

⋅

Разработчик Python

Ереван, Армения

он/его

Ключевые навыки

Программирование

Python (pandas, NumPy, scikit-learn), R (Bioconductor), C/C++, Bash, асинхронность, ООП.

Обработка данных Omics

WGS, WES, Hi‑C, Exo‑C, RNA‑seq, ChIP‑seq.

Биоинформатика

BLAST, Bowtie, BWA, GATK, Juicer, SAMtools, Picard, ChIPseeker, DEseq2.

Клиническая генетика

Приоритизация SNP, выявление хромосомных перестроек по Hi-C, OMIM.

Визуализация данных

Matplotlib, Seaborn, Plotly, ggplot2, Juicebox.

CI/CD

Git, Docker, Conda, PyPI.

Тестирование

Unittest, Pylint, Cppcheck, GTest, Codacy, написание баг-репортов.

Фуллстек

HTML5/CSS3, jQuery, Bootstrap, FastAPI, Flask, SQLAlchemy.

Верстка и дизайн

TeX/LaTeX, Inkscape, верстка книг, набор математических формул, создание научных презентаций, создание векторных иллюстраций, векторизация растровых изображений.

Опыт работы

Институт Цитологии и Генетики СО РАН 2019—23

Сектор геномных механизмов онтогенеза

Лаборант-биоинформатик

Исследования в области генетики, молекулярной биологии и биоинформатики (Homo sapiens, Aedes sp., Gallus gallus)
Контроль качества, обработка и клиническая интерпретация данных NGS — WGS, WES, ChIP‐seq, Hi‐C, Exo‐C
Администрирование лабораторного вычислительного сервера
Фуллстек разработка в рамках научных проектов лаборатории
Разработка биоинформационных инструментов на Python, R, C, C++, Golang

Институт биологии гена РАН 2024—25

Лабораторией регуляции экспрессии генов в развитии

Приглашенный специалист-биоинформатик

Исследования в области генетики дрозофилы
Контроль качества, обработка и интерпретация данных NGS — ChIP-seq, RNA-seq
Разработка биоинформационных инструментов на Python и R

Фриланс 2016—26

Различные проекты

Разработчик, дизайнер, копирайтер

Бэкенд разработка c использованием FastAPI и SQLAlchemy
Разработка скриптов для парсинга сайтов
Администрирование сайтов на Joomla! и Wordpress
Конвертация документов, верстка в TeX (XeTeX)
Создание векторных иллюстраций, векторизация растра
Написание авторских текстов, в том числе SEO‐оптимизированных (копирайтинг)
Редактирование и корректура текстов

ООО «Космодент» 2024—25

Отделение терапии

Ассистент врача-стоматолога

Ассистирование врачу-стоматологу во время приемов: терапия, ортопедия, детская стоматология
Подготовка кабинета врача к приему, плановая уборка помещений
Уход за стоматологическим инструментарием, настройка приборов
Учет расходных материалов, пополнение запасов
Проведение компьютерной томографии зубов, а также прицельных снимков

Пет-проекты

Pawpyrus

Pawpyrus — это минималистичная FOSS-утилита для создания бумажных хранилищ цифровых данных, использующая технологии QR и ArUco. Она генерирует PDF из любого бинарного файла небольших размеров. Впоследствии бумажное хранилище может быть отсканировано и раскодировано. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

codeberg.org:screwery/pawpyrus

Muppy

Muppy — это Python препроцессор для языков разметки. Простой скрипт, использующий exec(), запускает инструкции внутри блоков комментариев. На настоящий момент Muppy распознает комментарии в стиле C, Python, XML и TeX. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

codeberg.org:screwery/muppy

Listvennica's Mod

Listvennica's Mod — это декоративный мод для Minecraft, собранный на Fabric. Он добавляет блоки, вдохновлённые сибирским деревянным зодчеством и советской типовой архитектурой. Мод является частью Modrinth.

codeberg.org:desertear/listvennica_mod

Образование

Новосибирский государственный университет '22

Институт Медицины и Психологии имени Владимира Зельмана

Специальность: Врач-лечебник

Курсы повышения квалификации

MGNGS School '21

Медико-генетический научный центр имени Бочкова

Анализ и интерпретация данных, полученных при NGS секвенировании ДНК пациентов с наследственными заболеваниями

Публикации15

Direction and modality of transcription changes caused by TAD boundary disruption in Slc29a3/Unc5b locus depends on tissue-specific epigenetic context

Epigenetics & Chromatin (2025)

Salnikov, P., Belokopytova, P., Yan, A., Viesná, E., Korablev, A., Serova, I., Lukyanchikova, V., Stepanchuk, Ya., Torgunakov, N., Tikhomirov, S., Fishman, V.

10.1186/s13072-025-00618-1

Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants

Genome Medicine (2025)

Gridina, M., Lagunov, T., Belokopytova, P., Torgunakov, N., Nuriddinov, M., Nurislamov, A., Nazarenko, L. P., Kashevarova, A. A., Lopatkina, M. E., Vasilyev, S., Zuev, A., Belyaeva, E. O., Salyukova, O. A., Cheremnykh, A. D., Suhanova, N. N., Minzhenkova, M. E., Markova, Zh. G., Demina, N. A., Stepanchuk, Ya., Khabarova, A., Yan, A., Valeev, E., Koksharova, G., Grigor’eva, E. V., Kokh, N., Lukjanova, T., Maximova, Yu., Musatova, E., Shabanova, E., Kechin, A., Khrapov, E., Boyarskih, U., Ryzhkova, O., Suntsova, M., Matrosova, A., Karoli, M., Manakhov, A., Filipenko, M., Rogaev, E., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V.

10.1186/s13073-025-01471-3

Studying concatenation of the Cas9-cleaved transgenes using barcodes

Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2025)

Smirnov, A. V., Korablev, A. N., Serova, I. A., Yunusova, A. M., Muravyova, A. A., Valeev, E. S., Battulin, N. R.

10.18699/vjgb-25-04

A family case of a rare autoinflammatory disease associated with mutations in the NLRP3 and TNFRSF1A genes in the practice of a rheumatologist

Bulletin of Siberian Medicine (2023)

Kurochkina, Yu. D., Korolev, M. A., Letyagina, E. A., Fishman, V. S., Gridina, M. M., Valeeva, E. S.

10.20538/1682-0363-2023-2-170-175

Influence of human peripheral blood samples preprocessing on the quality of Hi-C libraries

Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2023)

Gridina, M. M., Vesna, E., Minzhenkova, M. E., Shilova, N. V., Ryzhkova, O. P., Nazarenko, L. P., Belyaeva, E. O., Lebedev, I. N., Fishman, V. S.

10.18699/vjgb-23-11

The Mutation Spectrum of Rare Variants in the Gene of Adenosine Triphosphate (ATP)-Binding Cassette Subfamily C Member 8 in Patients with a MODY Phenotype in Western Siberia

Journal of Personalized Medicine (2023)

Ivanoshchuk, D., Shakhtshneider, E., Mikhailova, S., Ovsyannikova, A., Rymar, O., Valeeva, E., Orlov, P., Voevoda, M.

10.3390/jpm13020172

FastContext: A tool for identification of adapters and other sequence patterns in next generation sequencing (NGS) data

Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2023)

Viesná, E., Fishman, V.

10.18699/vjgb-22-97

3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics

Nucleic Acids Research (2022)

Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., Fishman, V.

10.1093/nar/gkac396

Variants of the HNF4A and HNF1A genes in patients with impaired glucose metabolism and dyslipidemia

Atherosclerosis (2022)

Ivanoshchuk, D. E., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Shakhtshneider, E. V., Valeev, E. S., Rymar, O. D., Orlov, P. S., Voevoda, M. I.

10.52727/2078-256x-2021-17-4-11-19

A cookbook for DNase Hi-C

Epigenetics & Chromatin (2021)

Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V.

10.1186/s13072-021-00389-5

Analysis of Rare Variants in Genes Related to Lipid Metabolism in Patients with Familial Hypercholesterolemia in Western Siberia (Russia)

Journal of Personalized Medicine (2021)

Shakhtshneider, E., Ivanoshchuk, D., Timoshchenko, O., Orlov, P., Semaev, S., Valeev, E., Goonko, A., Ladygina, N., Voevoda, M.

10.3390/jpm11111232

Высокопроизводительные молекулярно-генетические технологии для поиска новых этиопатогенетических факторов развития атеросклероза

Атеросклероз (2021)

Шахтшнейдер, Е. В., Иванощук, Д. Е., Рагино, Ю. И., Валеев, Э. С., Полонская, Я. В., Каштанова, Е. В., Чернявский, А. М., Мурашов, И. С., Воевода, М. И.

10.52727/2078-256x-2021-17-3-83-84

Создание библиотек баркодированных плазмид с помощью метода клонирования по Гибсону

Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции (2021)

Смирнов, А. В., Юнусова, А. М., Муравьева, А. А., Валеев, Э. С., Фишман, В. С., Баттулин, Н. Р.

10.18699/lettersvj2021-7-05

Analysis of f5 gene polymorphism in men with coronary atherosclerosis using whole exome sequencing

Atherosclerosis (2021)

Striukova, E. S., Shakhtshneider, E. V., Ivanoshchuk, D. E., Ragino, Yu. I., Polonskaya, Ya. V., Murashov, I. S., Volkov, A. M., Kurguzov, A. V., Chernyavsky, A. M., Valeev, E. S., Maksimov, V. N., Kashtanova, E. V.

10.52727/2078-256x-2021-17-29-37

The Mutation Spectrum of Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY)-Associated Genes among Western Siberia Patients

Journal of Personalized Medicine (2021)

Ivanoshchuk, D. E., Shakhtshneider, E. V., Rymar, O. D., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Fishman, V. S., Valeev, E. S., Orlov, P. S., Voevoda, M. I.

10.3390/jpm11010057

Доклады5

Web-3DPredictor: a web interface for high-resolution prediction of genome architecture

Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts (2020). ICG SB RAS : Novosibirsk, Russia. Pp. 130. ISBN 978-5-91291-051-7.

Valeev, E., Belokopytova, P., Fishman, V.

Abstracts PDF

Молекулярно-генетическая диагностика моногенных форм сахарного диабета

Сахарный диабет — 2021: от мониторинга к управлению. Материалы IV российской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием (2021). НИИКЭЛ — филиал ИЦиГ СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 54-55.

Иванощук, Д. Е., Шахтшнейдер, Е. В., Валеев, Э. С., Овсянникова, А. К., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Воевода, М. И.

eLibrary: 45843731

Новый вариант делеции в гене GCK у пациента с диабетом MODY типа 2

Фундаментальные исследования в эндокринологии: современная стратегия развития и технологии персонализированной медицины. Материалы конференции с международным участием (2020). Издательство СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 11.

Иванощук, Д. Е., Овсянникова, А. К., Валеев, Э. С., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Шахтшнейдер, Е. В.

eLibrary: 44383983

Поиск потенциально патогенных генетических вариантов у пациентов с врожденной глаукомой: первичные данные интерпретации двух клинических случаев

VI международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов. Сборник тезисов (2019). Новосибирский национальный исследовательский государственный университет : Новосибирск, Россия. Стр. 510-514.

Иванощук, Д. Е., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Шахтшнейдер, Е. В., Фишман, В. С., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И.

eLibrary: 41449757

Скрининг редких замен в генах, вовлечённых в дисгенез угла передней камеры глаза у пациентов с врождённой глаукомой

Генетика — фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции. Материалы VIII научно-практической конференции с международным участием (2019). Издательство Южного федерального университета : Ростов-на-Дону — Таганрог, Россия. Стр. 57-58. ISBN 978-5-9275-3236-0.

Фишман, В. С., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И., Иванощук, Д. Е.

eLibrary: 42976647