Nonbinary person near rose bush

Emil Valeeva (Viesná)

Bioinformatician
⋅
Python Developer
Yerevan, Armenia
they/them

Skills

Programming

Python (pandas, NumPy, scikit-learn), R (Bioconductor), C/C++, Bash, async, OOP.

Omics Processing

WGS, WES, Hi‑C, Exo‑C, RNA‑seq, ChIP‑seq.

Bioinformatics

BLAST, Bowtie, BWA, GATK, Juicer, SAMtools, Picard, ChIPseeker, DEseq2.

Clinical Genetics

SNP prioritization, detection of chromosomal rearrangements via Hi-C, OMIM.

Visualization

Matplotlib, Seaborn, Plotly, ggplot2, Juicebox.

CI/CD

Git, Docker, Conda, PyPI.

QA

Unittest, Pylint, Cppcheck, GTest, Codacy, bug reporting.

Fullstack

HTML5/CSS3, jQuery, Bootstrap, FastAPI, Flask, SQLAlchemy.

Design & Layout

TeX/LaTeX, Inkscape, book layout, mathematical formulae render, scientific presentations, vector illustration creation, raster-to-vector conversion.

Experience

Institute of Cytology & Genetics, SB RAS 2019—23

Ontogenesis Genomic Mechanisms Sector

Bioinformatics technician

  • Research in genetics, molecular biology, and bioinformatics (Homo sapiens, Aedes sp., Gallus gallus)
  • Processing, quality control, and interpretation of new generation sequencing data (WGS, WES, ChIP-seq, Hi-C, Exo-C)
  • Administration and security control of laboratory servers
  • Fullstack development, as part of research projects
  • Bioinformatics tools development (Python, R, C, C++, Golang)
Institute of Gene Biology RAS 2024—25

Laboratory of Regulation of Gene Expression in Development

Invited specialist-bioinformatician

  • Research in genetics of D. melanogaster
  • Processing, quality control, and interpretation of new generation sequencing data (ChIP-seq, RNA-seq)
  • Bioinformatics tools development (Python, R)
Freelance 2016—26

Various Projects

Developer, Designer, Copywriter

  • Backend development using FastAPI and SQLAlchemy
  • Site parsing script development
  • Joomla! and Wordpress website administration
  • Document format conversion, TeX (XeTeX) development
  • Vector illustration creation, raster-to-vector conversion
  • Copywriting on Russian (including SEO) on various topics
  • Editing and correction of texts on Russian
Cosmodent 2024—25

Department of Therapy

Assistant Dentist

  • Assisting the dentist during appointments: therapy, orthopedics, pediatric dentistry
  • Preparing the operation area, cleaning of premises
  • Maintenance of the dental tools, configuration of the medical devices
  • Stock accounting, restocking
  • Dental computed tomography, RVG single tooth images

Pet Projects

Pawpyrus
PyPI - Version PyPI - Python Version PyPI - Status PyPI - Downloads PyPI - License Gitea Issues Gitea Last Commit

Pawpyrus is a minimalist FOSS paper data storage based on QR codes and ArUco. It generates a PDF from any small-sized binary file. Further the paper storage can be scanned and decoded. The script is pure Python and a part of PyPI, so can be installed via pip.

codeberg.org:screwery/pawpyrus
Muppy
PyPI - Version PyPI - Python Version PyPI - Status PyPI - Downloads PyPI - License Gitea Issues Gitea Last Commit

Muppy stands for MarkUp Preprocessor for Python, a simple exec() script which execute instructions inside comments. For now, Muppy can recognize C-styled, Python-styled, XML-styled and TeX-styled comments. The script is pure Python and a part of PyPI, so can be installed via pip.

codeberg.org:screwery/muppy
Listvennica's Mod
Modrinth - Version Minecraft Version Modrinth - Downloads Modrinth - License Gitea Issues Gitea Last Commit

Listvennica's Mod is a decorative mod for Minecraft based on Fabric. It adds some blocks inspired with Siberian architecture. The mod is a part of Modrinth.

codeberg.org:desertear/listvennica_mod

Education

Novosibirsk State University '22

Vladimir Zelman Institute for Medicine and Psychology

Qualification: General practitioner

Advanced Training Courses

MGNGS School '21

Bochkov's Research Centre for Medical Genetics

Clinical analysis and interpretation of NGS data

Publications15

Direction and modality of transcription changes caused by TAD boundary disruption in Slc29a3/Unc5b locus depends on tissue-specific epigenetic context
Epigenetics & Chromatin (2025)

Salnikov, P., Belokopytova, P., Yan, A., Viesná, E., Korablev, A., Serova, I., Lukyanchikova, V., Stepanchuk, Ya., Torgunakov, N., Tikhomirov, S., Fishman, V.

10.1186/s13072-025-00618-1
Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants
Genome Medicine (2025)

Gridina, M., Lagunov, T., Belokopytova, P., Torgunakov, N., Nuriddinov, M., Nurislamov, A., Nazarenko, L. P., Kashevarova, A. A., Lopatkina, M. E., Vasilyev, S., Zuev, A., Belyaeva, E. O., Salyukova, O. A., Cheremnykh, A. D., Suhanova, N. N., Minzhenkova, M. E., Markova, Zh. G., Demina, N. A., Stepanchuk, Ya., Khabarova, A., Yan, A., Valeev, E., Koksharova, G., Grigor’eva, E. V., Kokh, N., Lukjanova, T., Maximova, Yu., Musatova, E., Shabanova, E., Kechin, A., Khrapov, E., Boyarskih, U., Ryzhkova, O., Suntsova, M., Matrosova, A., Karoli, M., Manakhov, A., Filipenko, M., Rogaev, E., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V.

10.1186/s13073-025-01471-3
Studying concatenation of the Cas9-cleaved transgenes using barcodes
Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2025)

Smirnov, A. V., Korablev, A. N., Serova, I. A., Yunusova, A. M., Muravyova, A. A., Valeev, E. S., Battulin, N. R.

10.18699/vjgb-25-04
A family case of a rare autoinflammatory disease associated with mutations in the NLRP3 and TNFRSF1A genes in the practice of a rheumatologist
Bulletin of Siberian Medicine (2023)

Kurochkina, Yu. D., Korolev, M. A., Letyagina, E. A., Fishman, V. S., Gridina, M. M., Valeeva, E. S.

10.20538/1682-0363-2023-2-170-175
Influence of human peripheral blood samples preprocessing on the quality of Hi-C libraries
Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2023)

Gridina, M. M., Vesna, E., Minzhenkova, M. E., Shilova, N. V., Ryzhkova, O. P., Nazarenko, L. P., Belyaeva, E. O., Lebedev, I. N., Fishman, V. S.

10.18699/vjgb-23-11
The Mutation Spectrum of Rare Variants in the Gene of Adenosine Triphosphate (ATP)-Binding Cassette Subfamily C Member 8 in Patients with a MODY Phenotype in Western Siberia
Journal of Personalized Medicine (2023)

Ivanoshchuk, D., Shakhtshneider, E., Mikhailova, S., Ovsyannikova, A., Rymar, O., Valeeva, E., Orlov, P., Voevoda, M.

10.3390/jpm13020172
FastContext: A tool for identification of adapters and other sequence patterns in next generation sequencing (NGS) data
Vavilov Journal of Genetics and Breeding (2023)

Viesná, E., Fishman, V.

10.18699/vjgb-22-97
3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics
Nucleic Acids Research (2022)

Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., Fishman, V.

10.1093/nar/gkac396
Variants of the HNF4A and HNF1A genes in patients with impaired glucose metabolism and dyslipidemia
Atherosclerosis (2022)

Ivanoshchuk, D. E., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Shakhtshneider, E. V., Valeev, E. S., Rymar, O. D., Orlov, P. S., Voevoda, M. I.

10.52727/2078-256x-2021-17-4-11-19
A cookbook for DNase Hi-C
Epigenetics & Chromatin (2021)

Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V.

10.1186/s13072-021-00389-5
Analysis of Rare Variants in Genes Related to Lipid Metabolism in Patients with Familial Hypercholesterolemia in Western Siberia (Russia)
Journal of Personalized Medicine (2021)

Shakhtshneider, E., Ivanoshchuk, D., Timoshchenko, O., Orlov, P., Semaev, S., Valeev, E., Goonko, A., Ladygina, N., Voevoda, M.

10.3390/jpm11111232
Высокопроизводительные молекулярно-генетические технологии для поиска новых этиопатогенетических факторов развития атеросклероза
Атеросклероз (2021)

Шахтшнейдер, Е. В., Иванощук, Д. Е., Рагино, Ю. И., Валеев, Э. С., Полонская, Я. В., Каштанова, Е. В., Чернявский, А. М., Мурашов, И. С., Воевода, М. И.

10.52727/2078-256x-2021-17-3-83-84
Создание библиотек баркодированных плазмид с помощью метода клонирования по Гибсону
Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции (2021)

Смирнов, А. В., Юнусова, А. М., Муравьева, А. А., Валеев, Э. С., Фишман, В. С., Баттулин, Н. Р.

10.18699/lettersvj2021-7-05
Analysis of f5 gene polymorphism in men with coronary atherosclerosis using whole exome sequencing
Atherosclerosis (2021)

Striukova, E. S., Shakhtshneider, E. V., Ivanoshchuk, D. E., Ragino, Yu. I., Polonskaya, Ya. V., Murashov, I. S., Volkov, A. M., Kurguzov, A. V., Chernyavsky, A. M., Valeev, E. S., Maksimov, V. N., Kashtanova, E. V.

10.52727/2078-256x-2021-17-29-37
The Mutation Spectrum of Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY)-Associated Genes among Western Siberia Patients
Journal of Personalized Medicine (2021)

Ivanoshchuk, D. E., Shakhtshneider, E. V., Rymar, O. D., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Fishman, V. S., Valeev, E. S., Orlov, P. S., Voevoda, M. I.

10.3390/jpm11010057

Reports5

Web-3DPredictor: a web interface for high-resolution prediction of genome architecture
Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts (2020). ICG SB RAS : Novosibirsk, Russia. Pp. 130. ISBN 978-5-91291-051-7.

Valeev, E., Belokopytova, P., Fishman, V.

Abstracts PDF
Молекулярно-генетическая диагностика моногенных форм сахарного диабета
Сахарный диабет — 2021: от мониторинга к управлению. Материалы IV российской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием (2021). НИИКЭЛ — филиал ИЦиГ СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 54-55.

Иванощук, Д. Е., Шахтшнейдер, Е. В., Валеев, Э. С., Овсянникова, А. К., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Воевода, М. И.

eLibrary: 45843731
Новый вариант делеции в гене GCK у пациента с диабетом MODY типа 2
Фундаментальные исследования в эндокринологии: современная стратегия развития и технологии персонализированной медицины. Материалы конференции с международным участием (2020). Издательство СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 11.

Иванощук, Д. Е., Овсянникова, А. К., Валеев, Э. С., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Шахтшнейдер, Е. В.

eLibrary: 44383983
Поиск потенциально патогенных генетических вариантов у пациентов с врожденной глаукомой: первичные данные интерпретации двух клинических случаев
VI международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов. Сборник тезисов (2019). Новосибирский национальный исследовательский государственный университет : Новосибирск, Россия. Стр. 510-514.

Иванощук, Д. Е., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Шахтшнейдер, Е. В., Фишман, В. С., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И.

eLibrary: 41449757
Скрининг редких замен в генах, вовлечённых в дисгенез угла передней камеры глаза у пациентов с врождённой глаукомой
Генетика — фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции. Материалы VIII научно-практической конференции с международным участием (2019). Издательство Южного федерального университета : Ростов-на-Дону — Таганрог, Россия. Стр. 57-58. ISBN 978-5-9275-3236-0.

Фишман, В. С., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И., Иванощук, Д. Е.

eLibrary: 42976647