Эмиль Валеева (Весна)^он/его

Биоинформатик ⋅ Разработчик Python

Email: snowboard_refinery@proton.me
WhatsApp: +374 55 758884
Codeberg: https://codeberg.org/screwery
ORCiD: https://orcid.org/0000-0003-3480-3963
Адрес: Ереван, Армения

Обо мне

Биоинформатик и Python-разработчик с 4+ годами опыта создания высокопроизводительных биоинформатических инструментов для научно-исследовательских и клинических проектов. Владею Python, R/Bioconductor, C/C++ и инструментами CI/CD. Обладаю глубокими знаниями в обработке и интерпретации данных NGS (WGS, WES, Hi‑C, Exo‑C, RNA‑seq, ChIP‑seq), приоритизации вариантов и выявлении хромосомных перестроек с помощью Hi‑C. Умею создавать отказоустойчивые пайплайны и инструменты для анализа данных, обслуживать защищённые лабораторные сервера, разбираюсь в фуллстек-разработке (FastAPI, Flask, SQLAlchemy, HTML5/CSS3). Есть опыт в тестировании (Unittest, Pylint, GTest, Codacy) и опенсорсе. Соавтор статей в цитируемых научных журналах, энтузиаст свободного программного обеспечения, хорошо умею работать в мультидисциплинарных командах.

Ключевые навыки

Программирование: Python (pandas, NumPy, scikit-learn), R (Bioconductor), C/C++, Bash, асинхронность, ООП.
Обработка данных Omics: WGS, WES, Hi‑C, Exo‑C, RNA‑seq, ChIP‑seq.
Биоинформатика: BLAST, Bowtie, BWA, GATK, Juicer, SAMtools, Picard, ChIPseeker, DEseq2.
Клиническая генетика: Приоритизация SNP, выявление хромосомных перестроек по Hi-C, OMIM.
Визуализация данных: Matplotlib, Seaborn, Plotly, ggplot2, Juicebox.
CI/CD: Git, Docker, Conda, PyPI.
Тестирование: Unittest, Pylint, Cppcheck, GTest, Codacy, написание баг-репортов.
Фуллстек: HTML5/CSS3, jQuery, Bootstrap, FastAPI, Flask, SQLAlchemy.
Верстка и дизайн: TeX/LaTeX, Inkscape, верстка книг, набор математических формул, создание научных презентаций, создание векторных иллюстраций, векторизация растровых изображений.

Опыт работы

Институт Цитологии и Генетики СО РАН 2019—23

Сектор геномных механизмов онтогенеза

Лаборант-биоинформатик

Исследования в области генетики, молекулярной биологии и биоинформатики (Homo sapiens, Aedes sp., Gallus gallus)
Контроль качества, обработка и клиническая интерпретация данных NGS — WGS, WES, ChIP‐seq, Hi‐C, Exo‐C
Администрирование лабораторного вычислительного сервера
Фуллстек разработка в рамках научных проектов лаборатории
Разработка биоинформационных инструментов на Python, R, C, C++, Golang

Институт биологии гена РАН 2024—25

Лабораторией регуляции экспрессии генов в развитии

Приглашенный специалист-биоинформатик

Исследования в области генетики дрозофилы
Контроль качества, обработка и интерпретация данных NGS — ChIP-seq, RNA-seq
Разработка биоинформационных инструментов на Python и R

Фриланс 2016—26

Различные проекты

Разработчик, дизайнер, копирайтер

Бэкенд разработка c использованием FastAPI и SQLAlchemy
Разработка скриптов для парсинга сайтов
Администрирование сайтов на Joomla! и Wordpress
Конвертация документов, верстка в TeX (XeTeX)
Создание векторных иллюстраций, векторизация растра
Написание авторских текстов, в том числе SEO‐оптимизированных (копирайтинг)
Редактирование и корректура текстов

ООО «Космодент» 2024—25

Отделение терапии

Ассистент врача-стоматолога

Ассистирование врачу-стоматологу во время приемов: терапия, ортопедия, детская стоматология
Подготовка кабинета врача к приему, плановая уборка помещений
Уход за стоматологическим инструментарием, настройка приборов
Учет расходных материалов, пополнение запасов
Проведение компьютерной томографии зубов, а также прицельных снимков

Пет-проекты

Pawpyrus

Pawpyrus — это минималистичная FOSS-утилита для создания бумажных хранилищ цифровых данных, использующая технологии QR и ArUco. Она генерирует PDF из любого бинарного файла небольших размеров. Впоследствии бумажное хранилище может быть отсканировано и раскодировано. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

Codeberg: https://codeberg.org/screwery/pawpyrus

Muppy

Muppy — это Python препроцессор для языков разметки. Простой скрипт, использующий exec(), запускает инструкции внутри блоков комментариев. На настоящий момент Muppy распознает комментарии в стиле C, Python, XML и TeX. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

Codeberg: https://codeberg.org/screwery/muppy

Listvennica's Mod

Listvennica's Mod — это декоративный мод для Minecraft, собранный на Fabric. Он добавляет блоки, вдохновлённые сибирским деревянным зодчеством и советской типовой архитектурой. Мод является частью Modrinth.

Codeberg: https://codeberg.org/desertear/listvennica_mod

Образование

Новосибирский государственный университет '22

Институт Медицины и Психологии имени Владимира Зельмана

Специальность: Врач-лечебник

Курсы повышения квалификации

MGNGS School '21

Медико-генетический научный центр имени Бочкова

Анализ и интерпретация данных, полученных при NGS секвенировании ДНК пациентов с наследственными заболеваниями

Публикации

Salnikov, P., Belokopytova, P., Yan, A., Viesná, E., Korablev, A., Serova, I., Lukyanchikova, V., Stepanchuk, Ya., Torgunakov, N., Tikhomirov, S., Fishman, V. (2025) “Direction and modality of transcription changes caused by TAD boundary disruption in Slc29a3/Unc5b locus depends on tissue-specific epigenetic context”. Epigenetics & Chromatin. DOI: https://doi.org/10.1186/s13072-025-00618-1
Gridina, M., Lagunov, T., Belokopytova, P., Torgunakov, N., Nuriddinov, M., Nurislamov, A., Nazarenko, L. P., Kashevarova, A. A., Lopatkina, M. E., Vasilyev, S., Zuev, A., Belyaeva, E. O., Salyukova, O. A., Cheremnykh, A. D., Suhanova, N. N., Minzhenkova, M. E., Markova, Zh. G., Demina, N. A., Stepanchuk, Ya., Khabarova, A., Yan, A., Valeev, E., Koksharova, G., Grigor’eva, E. V., Kokh, N., Lukjanova, T., Maximova, Yu., Musatova, E., Shabanova, E., Kechin, A., Khrapov, E., Boyarskih, U., Ryzhkova, O., Suntsova, M., Matrosova, A., Karoli, M., Manakhov, A., Filipenko, M., Rogaev, E., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V. (2025) “Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants”. Genome Medicine. DOI: https://doi.org/10.1186/s13073-025-01471-3
Smirnov, A. V., Korablev, A. N., Serova, I. A., Yunusova, A. M., Muravyova, A. A., Valeev, E. S., Battulin, N. R. (2025) “Studying concatenation of the Cas9-cleaved transgenes using barcodes”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-25-04
Kurochkina, Yu. D., Korolev, M. A., Letyagina, E. A., Fishman, V. S., Gridina, M. M., Valeeva, E. S. (2023) “A family case of a rare autoinflammatory disease associated with mutations in the NLRP3 and TNFRSF1A genes in the practice of a rheumatologist”. Bulletin of Siberian Medicine. DOI: https://doi.org/10.20538/1682-0363-2023-2-170-175
Gridina, M. M., Vesna, E., Minzhenkova, M. E., Shilova, N. V., Ryzhkova, O. P., Nazarenko, L. P., Belyaeva, E. O., Lebedev, I. N., Fishman, V. S. (2023) “Influence of human peripheral blood samples preprocessing on the quality of Hi-C libraries”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-23-11
Ivanoshchuk, D., Shakhtshneider, E., Mikhailova, S., Ovsyannikova, A., Rymar, O., Valeeva, E., Orlov, P., Voevoda, M. (2023) “The Mutation Spectrum of Rare Variants in the Gene of Adenosine Triphosphate (ATP)-Binding Cassette Subfamily C Member 8 in Patients with a MODY Phenotype in Western Siberia”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm13020172
Viesná, E., Fishman, V. (2023) “FastContext: A tool for identification of adapters and other sequence patterns in next generation sequencing (NGS) data”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-22-97
Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., Fishman, V. (2022) “3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics”. Nucleic Acids Research. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac396
Ivanoshchuk, D. E., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Shakhtshneider, E. V., Valeev, E. S., Rymar, O. D., Orlov, P. S., Voevoda, M. I. (2022) “Variants of the HNF4A and HNF1A genes in patients with impaired glucose metabolism and dyslipidemia”. Atherosclerosis. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-4-11-19
Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V. (2021) “A cookbook for DNase Hi-C”. Epigenetics & Chromatin. DOI: https://doi.org/10.1186/s13072-021-00389-5
Shakhtshneider, E., Ivanoshchuk, D., Timoshchenko, O., Orlov, P., Semaev, S., Valeev, E., Goonko, A., Ladygina, N., Voevoda, M. (2021) “Analysis of Rare Variants in Genes Related to Lipid Metabolism in Patients with Familial Hypercholesterolemia in Western Siberia (Russia)”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm11111232
Шахтшнейдер, Е. В., Иванощук, Д. Е., Рагино, Ю. И., Валеев, Э. С., Полонская, Я. В., Каштанова, Е. В., Чернявский, А. М., Мурашов, И. С., Воевода, М. И. (2021) “Высокопроизводительные молекулярно-генетические технологии для поиска новых этиопатогенетических факторов развития атеросклероза”. Атеросклероз. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-3-83-84
Смирнов, А. В., Юнусова, А. М., Муравьева, А. А., Валеев, Э. С., Фишман, В. С., Баттулин, Н. Р. (2021) “Создание библиотек баркодированных плазмид с помощью метода клонирования по Гибсону”. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. DOI: https://doi.org/10.18699/lettersvj2021-7-05
Striukova, E. S., Shakhtshneider, E. V., Ivanoshchuk, D. E., Ragino, Yu. I., Polonskaya, Ya. V., Murashov, I. S., Volkov, A. M., Kurguzov, A. V., Chernyavsky, A. M., Valeev, E. S., Maksimov, V. N., Kashtanova, E. V. (2021) “Analysis of f5 gene polymorphism in men with coronary atherosclerosis using whole exome sequencing”. Atherosclerosis. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-29-37
Ivanoshchuk, D. E., Shakhtshneider, E. V., Rymar, O. D., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Fishman, V. S., Valeev, E. S., Orlov, P. S., Voevoda, M. I. (2021) “The Mutation Spectrum of Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY)-Associated Genes among Western Siberia Patients”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm11010057

Доклады

Valeev, E., Belokopytova, P., Fishman, V. (2020) “Web-3DPredictor: a web interface for high-resolution prediction of genome architecture”. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020). The Twelfth International Multiconference Abstracts. ICG SB RAS : Novosibirsk, Russia. Pp. 130. ISBN 978-5-91291-051-7. Link: https://www.spsl.nsc.ru/FullText/konfe/BGRSSB-2020.pdf (Abstracts PDF)
Иванощук, Д. Е., Шахтшнейдер, Е. В., Валеев, Э. С., Овсянникова, А. К., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Воевода, М. И. (2021) “Молекулярно-генетическая диагностика моногенных форм сахарного диабета”. Сахарный диабет — 2021: от мониторинга к управлению. Материалы IV российской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием. НИИКЭЛ — филиал ИЦиГ СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 54-55. Ссылка: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=45843731 (eLibrary: 45843731)
Иванощук, Д. Е., Овсянникова, А. К., Валеев, Э. С., Михайлова, С. В., Рымар, О. Д., Шахтшнейдер, Е. В. (2020) “Новый вариант делеции в гене GCK у пациента с диабетом MODY типа 2”. Фундаментальные исследования в эндокринологии: современная стратегия развития и технологии персонализированной медицины. Материалы конференции с международным участием. Издательство СО РАН : Новосибирск, Россия. Стр. 11. Ссылка: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=44383983 (eLibrary: 44383983)
Иванощук, Д. Е., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Шахтшнейдер, Е. В., Фишман, В. С., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И. (2019) “Поиск потенциально патогенных генетических вариантов у пациентов с врожденной глаукомой: первичные данные интерпретации двух клинических случаев”. VI международная конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов. Сборник тезисов. Новосибирский национальный исследовательский государственный университет : Новосибирск, Россия. Стр. 510-514. Ссылка: https://elibrary.ru/item.asp?id=41449757 (eLibrary: 41449757)
Фишман, В. С., Валеев, Э. С., Белокопытова, П. С., Фенькова, О. В., Михайлова, С. В., Фурсова, А. Ж., Воевода, М. И., Иванощук, Д. Е. (2019) “Скрининг редких замен в генах, вовлечённых в дисгенез угла передней камеры глаза у пациентов с врождённой глаукомой”. Генетика — фундаментальная основа инноваций в медицине и селекции. Материалы VIII научно-практической конференции с международным участием. Издательство Южного федерального университета : Ростов-на-Дону — Таганрог, Россия. Стр. 57-58. ISBN 978-5-9275-3236-0. Ссылка: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=42976647 (eLibrary: 42976647)

Эмиль Валеева (Весна)он/его