Эмиль Весна

Разработчик Python ⋅ Тестировщик ⋅ Биоинформатик

Email: snowboard_refinery@proton.me
Codeberg: https://codeberg.org/screwery
ORCiD: https://orcid.org/0000-0003-3480-3963

Ключевые навыки

Python3: FastAPI, Flask, Selenium, парсинг вебсайтов, парсинг текстовых данных.
TeX: Верстка книг, набор математических формул, создание научных презентаций.
Биоинформатика: Контроль качества данных NGS, обработка данных NGS, клиническая интерпретация данных NGS, разработка биоинформационных программ.
Linux: Разработка Bash скриптов, настройка SSH, Apache, Nginx, Lighttpd.
C / C++: Boost, Qt 6+, QML, OpenGL, GLM, cURL.
Криптография: Tor, I2P, шифрованные файловые системы, GnuPG, GPGME, Libgcrypt, Libassuan, Sodium.
Фронтенд: HTML5, CSS3, jQuery, AJAX, PureCSS, Bootstrap.
Blender: MakeHuman, SaplingTree, A.N.T. Landscape, генерация ассетов, подготовка ассетов для Godot.
Реинжениринг: Radare2, разработка на языке ассемблера, дизассемблирование.
Тестирование: Unittest, Selenium, Pylint, Cppcheck, GTest, Codacy, написание баг-репортов.
Вектор: Inkscape, векторизация растровых изображений, создание логотипов и иконок.
Сестринское дело: Сестринский уход, ведение медицинской документации, проведение лабораторных исследований.

Опыт работы

Институт Цитологии и Генетики СО РАН 2019—23

Сектор геномных механизмов онтогенеза

Лаборант-биоинформатик

Исследования в области генетики, молекулярной биологии и биоинформатики
Контроль качества, обработка и клиническая интерпретация данных NGS — WGS, WES, ChIP‐seq, Hi‐C, Exo‐C
Администрирование лабораторного вычислительного сервера
Фуллстек разработка в рамках научных проектов лаборатории
Разработка биоинформационных инструментов на Python, R, C, C++, Golang

Фриланс 2016—25

Различные проекты

Разработчик

Разработка скриптов для парсинга сайтов
Написание курсовых и дипломных работ по матлингвистике
Конвертация документов, верстка в TeX

ООО «Космодент» 2024—25

Отделение терапии

Ассистент врача-стоматолога

Ассистирование врачу-стоматологу во время приемов: терапия, ортопедия, детская стоматология
Подготовка кабинета врача к приему, плановая уборка помещений
Уход за стоматологическим инструментарием, настройка приборов
Учет расходных материалов, пополнение запасов
Проведение компьютерной томографии зубов, а также прицельных снимков

Проекты

Pawpyrus

Pawpyrus — это минималистичная FOSS-утилита для создания бумажных хранилищ цифровых данных, использующая технологии QR и ArUco. Она генерирует PDF из любого бинарного файла небольших размеров. Впоследствии бумажное хранилище может быть отсканировано и раскодировано. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

Codeberg: https://codeberg.org/screwery/pawpyrus

Muppy

Muppy — это Python препроцессор для языков разметки. Простой скрипт, использующий exec(), запускает инструкции внутри блоков комментариев. На настоящий момент Muppy распознает комментарии в стиле C, Python, XML и TeX. Утилита написана на чистом Python и является частью PyPI, поэтому может быть установлена с помощью pip.

Codeberg: https://codeberg.org/screwery/muppy

Listvennica's Mod

Listvennica's Mod — это декоративный мод для Minecraft, собранный на Fabric. Он добавляет блоки, вдохновлённые сибирским деревянным зодчеством и советской типовой архитектурой. Мод является частью Modrinth.

Codeberg: https://codeberg.org/desertear/listvennica_mod

Образование

Новосибирский государственный университет '22

Институт Медицины и Психологии имени Владимира Зельмана

Специальность: Врач-лечебник

Курсы повышения квалификации

MGNGS School '21

Медико-генетический научный центр имени Бочкова

Анализ и интерпретация данных, полученных при NGS секвенировании ДНК пациентов с наследственными заболеваниями

Публикации

Salnikov, P., Belokopytova, P., Yan, A., Viesná, E., Korablev, A., Serova, I., Lukyanchikova, V., Stepanchuk, Ya., Torgunakov, N., Tikhomirov, S., Fishman, V. (2025) “Direction and modality of transcription changes caused by TAD boundary disruption in Slc29a3/Unc5b locus depends on tissue-specific epigenetic context”. Epigenetics & Chromatin. DOI: https://doi.org/10.1186/s13072-025-00618-1
Gridina, M., Lagunov, T., Belokopytova, P., Torgunakov, N., Nuriddinov, M., Nurislamov, A., Nazarenko, L. P., Kashevarova, A. A., Lopatkina, M. E., Vasilyev, S., Zuev, A., Belyaeva, E. O., Salyukova, O. A., Cheremnykh, A. D., Suhanova, N. N., Minzhenkova, M. E., Markova, Zh. G., Demina, N. A., Stepanchuk, Ya., Khabarova, A., Yan, A., Valeev, E., Koksharova, G., Grigor’eva, E. V., Kokh, N., Lukjanova, T., Maximova, Yu., Musatova, E., Shabanova, E., Kechin, A., Khrapov, E., Boyarskih, U., Ryzhkova, O., Suntsova, M., Matrosova, A., Karoli, M., Manakhov, A., Filipenko, M., Rogaev, E., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V. (2025) “Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants”. Genome Medicine. DOI: https://doi.org/10.1186/s13073-025-01471-3
Smirnov, A. V., Korablev, A. N., Serova, I. A., Yunusova, A. M., Muravyova, A. A., Valeev, E. S., Battulin, N. R. (2025) “Studying concatenation of the Cas9-cleaved transgenes using barcodes”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-25-04
Kurochkina, Yu. D., Korolev, M. A., Letyagina, E. A., Fishman, V. S., Gridina, M. M., Valeeva, E. S. (2023) “A family case of a rare autoinflammatory disease associated with mutations in the NLRP3 and TNFRSF1A genes in the practice of a rheumatologist”. Bulletin of Siberian Medicine. DOI: https://doi.org/10.20538/1682-0363-2023-2-170-175
Gridina, M. M., Vesna, E., Minzhenkova, M. E., Shilova, N. V., Ryzhkova, O. P., Nazarenko, L. P., Belyaeva, E. O., Lebedev, I. N., Fishman, V. S. (2023) “Influence of human peripheral blood samples preprocessing on the quality of Hi-C libraries”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-23-11
Ivanoshchuk, D., Shakhtshneider, E., Mikhailova, S., Ovsyannikova, A., Rymar, O., Valeeva, E., Orlov, P., Voevoda, M. (2023) “The Mutation Spectrum of Rare Variants in the Gene of Adenosine Triphosphate (ATP)-Binding Cassette Subfamily C Member 8 in Patients with a MODY Phenotype in Western Siberia”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm13020172
Viesná, E., Fishman, V. (2023) “FastContext: A tool for identification of adapters and other sequence patterns in next generation sequencing (NGS) data”. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. DOI: https://doi.org/10.18699/vjgb-22-97
Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D., Fishman, V. (2022) “3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics”. Nucleic Acids Research. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkac396
Ivanoshchuk, D. E., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Shakhtshneider, E. V., Valeev, E. S., Rymar, O. D., Orlov, P. S., Voevoda, M. I. (2022) “Variants of the HNF4A and HNF1A genes in patients with impaired glucose metabolism and dyslipidemia”. Atherosclerosis. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-4-11-19
Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N., Fishman, V. (2021) “A cookbook for DNase Hi-C”. Epigenetics & Chromatin. DOI: https://doi.org/10.1186/s13072-021-00389-5
Shakhtshneider, E., Ivanoshchuk, D., Timoshchenko, O., Orlov, P., Semaev, S., Valeev, E., Goonko, A., Ladygina, N., Voevoda, M. (2021) “Analysis of Rare Variants in Genes Related to Lipid Metabolism in Patients with Familial Hypercholesterolemia in Western Siberia (Russia)”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm11111232
Шахтшнейдер, Е. В., Иванощук, Д. Е., Рагино, Ю. И., Валеев, Э. С., Полонская, Я. В., Каштанова, Е. В., Чернявский, А. М., Мурашов, И. С., Воевода, М. И. (2021) “Высокопроизводительные молекулярно-генетические технологии для поиска новых этиопатогенетических факторов развития атеросклероза”. Атеросклероз. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-3-83-84
Смирнов, А. В., Юнусова, А. М., Муравьева, А. А., Валеев, Э. С., Фишман, В. С., Баттулин, Н. Р. (2021) “Создание библиотек баркодированных плазмид с помощью метода клонирования по Гибсону”. Письма в Вавиловский журнал генетики и селекции. DOI: https://doi.org/10.18699/lettersvj2021-7-05
Striukova, E. S., Shakhtshneider, E. V., Ivanoshchuk, D. E., Ragino, Yu. I., Polonskaya, Ya. V., Murashov, I. S., Volkov, A. M., Kurguzov, A. V., Chernyavsky, A. M., Valeev, E. S., Maksimov, V. N., Kashtanova, E. V. (2021) “Analysis of f5 gene polymorphism in men with coronary atherosclerosis using whole exome sequencing”. Atherosclerosis. DOI: https://doi.org/10.52727/2078-256x-2021-17-29-37
Ivanoshchuk, D. E., Shakhtshneider, E. V., Rymar, O. D., Ovsyannikova, A. K., Mikhailova, S. V., Fishman, V. S., Valeev, E. S., Orlov, P. S., Voevoda, M. I. (2021) “The Mutation Spectrum of Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY)-Associated Genes among Western Siberia Patients”. Journal of Personalized Medicine. DOI: https://doi.org/10.3390/jpm11010057